Um "script personalizado está definido para ser executado como root" parece arriscado. Tem certeza que deve ser?
Você pode criar outra partição e fazer com que o script grave a saída nela. Em seguida, ele só preencherá essa partição e o script falhará sem incomodar o sistema.
Enquanto o script está em execução (fugindo) use lsof
(veja man lsof
para detalhes) para ver quais arquivos estão / estão crescendo, aparentemente sem limite. Em seguida, corrija o script.