WinDirStat poderá lhe dar uma pista de qual diretório / arquivo está ocupando espaço em disco.
Você também pode querer verificar quanto espaço você atribuiu para a Restauração do sistema. Você pode vê-lo clicando com o botão direito em "Meu Computador" e depois em "Propriedades" no menu.
Mas, a propósito, você esqueceu de esvaziar sua lixeira no Windows?