Use chmod
para tornar o script apenas legível por você mesmo.
chmod go-rwx myscript
Se o script for suposto público, não há uma boa maneira de protegê-lo - a senha ainda teria que ser descriptografada antes de ser dada ao programa Java, e se o script puder faça, qualquer um pode fazer isso.
Se for para ser executado por vários usuários, mas em uma máquina que você controla, então você pode mantê-lo protegido (chmod) e configurar o sudo para permitir a execução apenas desse script em particular. (Para coisas mais complicadas, algum tipo de divisão em cliente e servidor pode ser feito, mas ainda não é necessário.) Cuidado, porém, que toda a linha de comando do seu aplicativo Java será visível em ps -f
enquanto estiver em execução.