Sim, há um limite para o número de arquivos que podem existir em um diretório. Esse limite depende do sistema de arquivos que você está usando e, potencialmente, de quais opções foram usadas quando você formatou o sistema de arquivos.
Por padrão no ext3 (e acredito também no ext2), o limite é de 32.000 arquivos.
EDIT: Leitura adicional, bem como meus próprios testes, sugerem que o limite de 32.000 arquivos não é mais um problema nos kernels modernos com ext3. No entanto , ainda há um limite de 32.000 subdiretórios, portanto, enquanto os comentários do JdeBP estão tecnicamente corretos, o huggie perguntou, e eu respondi a pergunta errada ... a essência da resposta é a mesma. / p>
Considere este teste:
$ mkdir asdf
$ for x in $(seq 1 32000); do mkdir $x; done
mkdir: cannot create directory '31999': Too many links
mkdir: cannot create directory '32000': Too many links