O xcode 3.1.3 não funciona com o SL, você precisa do 3.2, que vem com o DVD. que você já descobriu (mas, honestamente, algo semelhante aconteceu comigo; o instalador do SL não consegue ver que o xcode está instalado e sugerir que eu instale o 3.2 ??).
Eu não sei exatamente o que aconteceu com a sua configuração, mas eu acho que a desinstalação / reinstalação do 3.1.3 em um sistema operacional com o qual ele não deveria jogar bem com algo estragou tudo.
eu sugiro tentar:
sudo /Developer/Library/uninstall-devtools --mode=all
que removerá todo o xcode de maneira limpa, reinstalará o xcode 3.2 (novamente) e verificará se o problema desaparece.