Ninguém pode responder a essa pergunta sem saber qual o sabor do Linux que você está usando.
No Debian (e em sistemas baseados em Debian, como o Ubuntu), você coloca seu script de inicialização chamado foo
no diretório /etc/init.d
, e chama update-rc.d foo defaults
. Não deixe de consultar a página do manual antes para entender o que está acontecendo.