Ninguém pode responder a essa pergunta sem saber qual o sabor do Linux que você está usando.
No Debian (e em sistemas baseados em Debian, como o Ubuntu), você coloca seu script de inicialização chamado foo no diretório /etc/init.d , e chama update-rc.d foo defaults . Não deixe de consultar a página do manual antes para entender o que está acontecendo.