Porque você disse, o comando
gsettings get org.gnome.desktop.input-sources source
te dá
[('ibus', 'bogo'), ('xkb', 'us')]
você tem que corrigir as configurações com o comando
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources sources "[('xkb', 'us')]"
Talvez você tenha que reiniciar o Unity.