Você pode usar o cron para iniciar o VLC em um intervalo especificado e instruí-lo a fazer apenas um extrato parcial. Algo como:
vlc --start-time=0 --stop-time=60.0
Isso iniciará em 0s no fluxo (você provavelmente poderá deixá-lo fora) e, em seguida, parará após 60 segundos. Você precisaria de outras opções para especificar seu fluxo de entrada e arquivo de saída.
Veja a página Linha de Comando da Wiki para opções adicionais.