ffmpeg e MEncoder (vem com Mplayer ) são provavelmente as duas ferramentas de conversão / decodificação / codificação de vídeo mais abrangentes disponíveis. Eu sugiro dar-lhes uma tentativa.
Eu acho que o MEncoder pode utilizar codecs no sistema [não tenho certeza sobre isso], então eu tentaria fazer a conversão em um PC com windows que é capaz de tocá-los dessa forma você sabe que tem um codec válido para o formato.