A instância de VM do Windows 7 não "sabe" que está em uma máquina virtual. E certamente não sabe que está no mesmo computador físico que qualquer instalação nativa que você possa fazer. Então, eu esperaria que você não seria capaz de ativar a instalação nativa do Windows, porque sua chave de produto já está vinculada à configuração de hardware da VM no banco de dados da Microsoft.
Você poderá instalá-lo sem nenhum problema, mas sem a ativação, as medidas anti-pirataria serão aplicadas após 30 dias ou o período de carência.