Se você colocar cada URL HTTP em uma linha própria, isso deve funcionar:
http://server.com/file with space1
http://server.com/file with space2
Isso funciona para mim (GNU wget 1.11.4).
Alternativamente, você pode escapar dos espaços com URL, substituindo-os por %20
, como em
http://server.com/file%20with%20space1