Eu não sei sobre o ClickOnce, mas o DotNet até 3.0 é funcionando perfeitamente no vinho.
Existe alguma limitação sobre o que os Emuladores do Wine / Windows podem fazer? Quero dizer isso principalmente de um ponto de vista de navegadores da Web se comunicando com aplicativos que os utilizam. (Por exemplo: Firefox e a ferramenta de correio incorporada, por exemplo)
O que eu preciso descobrir é se o Wine é compatível com um aplicativo normal do Windows (escrito em .NET) e se for especificamente necessário, a tecnologia ClickOnce.
Eu não sei sobre o ClickOnce, mas o DotNet até 3.0 é funcionando perfeitamente no vinho.
Não há limitações rígidas, por si só, com o vinho, tanto quanto eu posso dizer. Os problemas que você encontra são de partes das bibliotecas de vinho, que ainda não foram implementadas ou não são perfeitas.
Os Emuladores do Windows geralmente são bem separados do sistema subjacente, se é isso que você está preocupado, então pode não funcionar bem para você.
Sua pergunta não é muito clara, então eu não tinha certeza de qual maneira elaborar mais. Cuidado para expandi-lo? :)