Quando você está conectado ao Wi-Fi, seu cartão é executado no modo gerenciado. Isso é necessário para conversar com o ponto de acesso. Quando você coloca sua placa no modo de monitor, você está mudando a maneira como trata os sinais de forma ativa para passiva, portanto, você perde sua conexão.
Você pode obter um adaptador USB TP Link WL722N que possui um chipset Atheros que funciona perfeitamente com o Aircrack se você quiser ficar conectado com a placa wifi interna.