a2ensite default
a2dissite 000-default
Com isto dito, você pode tentar remover o bloco VirtualHost em seu arquivo de configuração e fazer (ou editar) o arquivo padrão em sites habilitados. Certifique-se de reiniciar o apache.
Eu assumo que o arquivo que você postou é /<some-dir>/apache2/apache2.conf
No entanto, o arquivo que você postou acima não se parece em nada com os arquivos de configuração que eu vi para o apache. Não posso te ajudar com isso.