Depende do programa do terminal que você está usando. Você deve ser capaz de encontrar essas informações na documentação para isso. A maioria é baseada em torno do original xterm , que é o que eu uso, então vou responder com base nisso.
Para fazer isso de forma interativa em um xterm existente, você pode usar o menu no botão "Control middle mouse". Há um item no menu para "Rolar para baixo na saída do TTY", que é inicialmente marcado por padrão, basta clicar nele e ele removerá a marca de seleção e o xterm não irá mais pular para o fundo sempre que houver saída.
Se você quiser que um xterm específico seja iniciado dessa forma, existe uma opção de linha de comando -si que será iniciada desmarcada. Se você quiser que este seja o padrão para todos os xterm s, você pode definir o recurso scrollTtyOutput (onde quer que você defina seus recursos X, e você pode usar a estrutura Xresource para aplicar somente a alguns xterm s) .
Eu sabia que todas essas opções existiam e usei man xterm agora mesmo para obter os detalhes. Um dos grandes recursos do UNIX (seguido em grande parte no Linux) é que toda a documentação está bem ali. Você só tem que olhar para isso.