Normalmente, quando algum programa não consegue abrir determinados GIFs, é devido à otimização usada para esta imagem.
Você pode tentar executar o imagemagick com a opção -coalesce. Isso irá redesenhar cada quadro com todos os detalhes dos quadros anteriores. Isso aumentará o tamanho do arquivo, mas desfará otimizações complexas de quadros.
convert original.gif -coalesce unoptimized.gif
Se isso não ajudar, forneça um exemplo de GIF com esse problema.