A resposta do Dr01 funcionará e é simples (+1). No entanto, quero salientar que existem alternativas.
Uma alternativa seria um segundo monitor. Tenha o vídeo em uma tela e suas anotações na outra.
Dependendo do seu player de vídeo, ele pode ter a opção de ser sempre a janela de cima, permitindo que você tenha o seu editor em foco, mas ainda assim, abaixo do player de vídeo. Se o seu player de vídeo não tiver essa opção, há um software que define uma janela para estar sempre no topo, independentemente do foco. Aqui está um exemplo para Windows. Defina o seu player de vídeo para estar no topo e mesmo que o seu programa de anotações tenha foucs, ele estará oculto.