Hmm, esse é um caso típico, se você não souber como esses instaladores funcionam. Mas não se sinta mal. Eu já vi isso muitas vezes porque as causas não são óbvias.
Deixe-me primeiro explicar o que aconteceu e depois veremos como corrigi-lo.
Quando você instalou o Windows, o disco no qual você instalou não estava na porta Sata0. O disco no qual você instalou o Linux estava nessa porta. Mas o instalador do Windows tem o hábito de instalar o bootmgr (a partição do sistema EFI de 350MB) no primeiro disco (aquele com o número de porta mais baixo) encontrado. A solução é alternar os cabos Sata no mobo ou desconectar os discos nas portas inferiores durante a instalação.
Então você instalou o Linux no disco port0. O bootmgr do Linux é o Grub que substituiu o seu bootmgr do Windows. Se você é um especialista em Grub, pode consertar isso, mas tentaremos fazer isso de outra maneira.
Faça o download do CD iso inicializável do Partition Wizrd e queime isso para CD. Inicialize seu PC com esse CD e marque a partição C do Windows ativa. Veja os passos na figura abaixo.
Agora, execute um inicialização / reparo 3 vezes. Em seguida, tente inicializar o Windows.
Na próxima vez que você instalar o Linux no disco port0, desconecte o disco onde o Windows está. Ou ainda melhor e muito mais flexível - instale o Linux em uma partição virtual. Isso é completamente livre de problemas e não apresentará problemas como você viu. Veja como. Neste tutorial eu também uso o Mint.