Interessante, eu sou capaz de reproduzir o seu problema, exatamente, tanto Byobu , bem como tmux , que é usado por byobu-tmux . Curiosamente, isso não acontece na tela byobu-screen ou .
Isso me parece um bug, em algum lugar dentro ou em torno do tmux ou do PAM.
Divulgação completa: Eu sou o autor e mantenedor do Byobu .