A WUBI sempre foi o segundo melhor método de instalar o Linux, mesmo no modo BIOS, então sua incompatibilidade com o modo de inicialização EFI não é uma grande perda, IMHO. A maior força da WUBI é que ela permite a instalação sem modificar as partições existentes, e isso pode ser feito também, se não melhor, por meio de tecnologias de virtualização como VMware ou VirtualBox.
Em vez de tentar encaixar o pino quadrado da WUBI no buraco redondo da EFI (mesmo com o CSM ativo), recomendo que você trabalhe para obter a inicialização do Linux no modo EFI por meio de uma configuração mais tradicional de inicialização dupla. Embora existam vários problemas conhecidos com o Linux inicializando EFI, todos eles se aplicam a um pequeno número de sistemas e / ou possuem consertos fáceis, como desabilitando o Secure Boot. Você não forneceu nenhum detalhe sobre quais problemas você encontrou, então é impossível dar a você algum conselho real, exceto talvez para adotar a abordagem scattershot de listar alguns dos problemas. problemas mais comuns e soluções associadas. Eu não vejo nenhuma pergunta sua sobre este site sobre a instalação da EFI além desta, então eu recomendo que você revise algumas questões existentes e outros sites, e se você ainda tiver problemas, postar uma nova pergunta. Algumas perguntas existentes e outros sites que podem ser úteis incluem: