Definitivamente, talvez é a melhor resposta que você pode obter.
É certamente possível que um vírus executado em um sistema operacional tenha uma carga útil que pode infectar arquivos que serão executados em outro sistema operacional. Se ele encontrar uma unidade inteira cheia de arquivos que serão executados em outro sistema operacional, então pode funcionar lá. Muitos vírus mais antigos se espalham procurando unidades de rede por vários executáveis e injetam seu código neles, a teoria não é diferente.
A única coisa é que o vírus não será executado corretamente até que você inicie no sistema operacional para que você possa ter uma janela de oportunidade para limpar a infecção antes que ela se estabeleça totalmente no sistema operacional. Isso também pressupõe que seu verificador de vírus possa ver e capturar todos os vários tipos de carga que o vírus pode ter.
Isso não quer dizer que todos vírus são escritos para fazer isso. Você pode ter sorte e o vírus está focado no seu sistema operacional atual.
De qualquer maneira, a inicialização dupla não é uma desculpa para não ter uma boa proteção contra vírus em ambos os sistemas operacionais.
O fato de o Windows ser um alvo muito maior para malware e vírus não significa que outros sistemas operacionais não devam se proteger adequadamente.