Atualmente, isso não é possível com o Ubuntu. Você precisaria programar o xorg para focalizar um ponteiro central em uma tela específica e não sei de nenhuma maneira possível.
Você pode, no entanto, sugerir isso como um recurso para o xorg, informando um bug:
Eu suspeito que você pode estar usando uma placa nvidia, se este for o caso, então você está usando twinview que distorce as dimensões da área de trabalho (porque é falso, é um desktop em dois monitores, em vez de dois desktops como ATI e Intel), para configurar isso, use xsetwacom:
xsetwacom --list
Isso informará os nomes do seu dispositivo de caneta e, em seguida, usará o próximo comando:
xsetwacom --set "Wacom Intuos3 4x6 stylus" TwinView horizontal
Para voltar ao normal, use:
xsetwacom --set "Wacom Intuos3 4x6 stylus" TwinView none
Você deve definir a caneta, o apagador e o ponteiro para definir todos os seus dispositivos corretamente. Depois de ver como funciona, copie e cole os comandos em um novo arquivo oculto chamado .xinitrc na sua pasta pessoal, você pode usar um editor de texto normal para criar o arquivo.
Agora você deve ter boas configurações de wacom ao reiniciar. (nota lateral: você pode usar xsetwacom --list param para obter uma lista de todas as opções que você pode definir.)