Como a maioria dos usuários se conecta à porta FTP padrão sem usar SSL, e mesmo que isso aconteça, é mais auto-assinado, e é muito fácil interceptar esse tipo de tráfego, o que significa que sua senha root pode ser encontrada muito facilmente se nenhuma criptografia for usada, pois é enviada em texto não criptografado.
Se você realmente precisa usar o root para transferir arquivos, use o SFTP, que funciona sobre SSH, é mais seguro que o FTP e usa chaves SSH para login, em vez de autenticação por senha.
Se você está permitindo que o root faça o login no SSH para o seu servidor, então você pode usar qualquer cliente SFTP e conectar-se à porta SSH com login root.
Alguns clientes do SFTP são WinSCP e Tunnelier que fornece um fácil arrastar e soltar Gerenciador de arquivos para transferir arquivos por SFTP