No Notepad ++, pressione Ctrl-H (Substituir ...). Na caixa de diálogo Substituir, clique em Estendido em Modo de pesquisa. No tipo de caixa "Localizar" e na caixa "Substituir por", digite \ r. Em seguida, clique em Substituir tudo.
Para fazer isso funcionar para todas as linhas no arquivo, você precisa ter certeza de que a última linha está em branco (você pode remover a linha em branco mais tarde, se desejar). Ou edite manualmente a última linha.
Dependendo do arquivo, talvez seja necessário usar \ n em vez de \ r.