Se a ferramenta for um filtro simples, você poderá usá-la normalmente, mas por cima do ssh.
ssh user@host somefilter < infile > outfile
Se ele espera um nome de arquivo, mas não precisa procurar por ele ou o arquivo de saída, então você pode (ab) usar o bash para isso.
ssh user@host bash -c "sometool <(/dev/stdin) -o >(/dev/stdout)" < infile > outfile
Caso contrário, você terá que transferir o arquivo para ou do outro sistema.