Como um físico, eu diria: use o ventilador maior como exaustor. Isso fará com que você tenha o melhor fluxo em situações reais, e também: o exaustor em um gabinete é mais útil do que o ventilador de entrada, já que o exaustor está próximo do CPU e GPU que geram mais calor. Assim, use o melhor (= maior, rpm e outras variáveis consideradas iguais) fã lá.
É uma diferença grande o suficiente para ser notada? Talvez.
Pode-se contar com muito mais fatores nesse caso (por exemplo, posicionamento exato de cabos / unidades, dimensões de resfriamento da CPU / GPU)? Sim. Mas a minha recomendação acima deve ser mantida em mais casos do que não, e você precisaria analisar o fluxo de ar muito de perto para encontrar o fluxo da vida real. Os indicadores que você tem são os sensores de temperatura na caixa: se você tentar de uma maneira e eles forem mais altos que a outra: mude.