Não há nada de especial sobre as transferências de e-mail que você deve conhecer.
A função normal de um cliente de email ao transmitir o arquivo é transmitir como está. A codificação do arquivo usando base64 ou qualquer outra coisa não deve implicar qualquer alteração no conteúdo do arquivo.
Evidentemente, o seu cliente de email está a fazer o seu trabalho. Ele não apenas analisou o arquivo e decidiu que ele contém texto, ele também se encarregou de normalizar o fim das linhas. Infelizmente, está arruinando o trabalho.
De acordo com Wikipedia , o carriage-return é um caractere Newline para Mac OS até a versão 9. Certamente não deveria ser o caso do Snow Leopard.
Não estando em um Mac, não posso testar nada. E como não sei qual cliente de e-mail está sendo usado, Eu não posso google para o problema. Então eu sugiro que você olhe para esse cliente de e-mail desconhecido configurações e tente encontrar alguma opção de compatibilidade com o OS-9 que foi ativada por engano, ou alguma outra configuração para transmitir arquivos como estão.