Se você quiser ter seu CD de shell em um diretório específico após login , coloque-o em ~/.bashrc (supondo que esteja usando o bash):
if [ shopt -q login_shell ]
then
cd directory/subdirectory/files
fi
Se você quiser ter vim cd em um diretório específico toda vez que abri-lo, coloque-o em ~/.vimrc :
cd directory/subdirectory/files
Observe que o cd no seu ~/.vimrc não é o cd do shell, mas é um comando do Vim. Veja
:help :cd