Eu sugeriria usar software de controle de versão , especificamente eu gosto git . Basicamente, usando o controle de origem, os dois podem editar arquivos e, se acontecer de você editar no mesmo arquivo que está em conflito, o VCS informará e permitirá que você mescle manualmente as alterações. Na maioria das edições, o software é muito bom para mesclar automaticamente as alterações feitas por você. Isso fará com que você não destrua o trabalho um do outro, e torne mais fácil a reversão para uma versão anterior dos arquivos (site, neste caso) no caso de você estragar alguma coisa. Além disso, você pode usar a ramificação para testar diferentes ideias / recursos e mesclá-los de volta à linha principal, se você gostar deles / eles funcionam.
Outros VCS incluem Mercurial e Subversion (existem muitos mais). Eu recomendo o git porque ele tem suporte decente em várias plataformas, bem documentado e bem usado, então é muito fácil encontrar bons guias / ajuda para ele. Aqui estão alguns: