Você alterou seu $PATH ( mais sobre isso ). Tente entrar no caminho completo dos comandos, por exemplo /bin/mkdir (ou /usr/bin/mkdir , não tenho certeza agora).
echo $PATH para ver o valor da variável do caminho atual.
export PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/X11/bin para um valor sano.
Verifique seus arquivos init do shell, por exemplo .profile ou .bash_profile para linhas como export PATH=... acima e remova-as.