Se ntpd
for pesado para você, tente OpenNTPD . Ele não garante precisão sub-microssegundos, mas mantém os relógios dos meus servidores em sincronia, abaixo do intervalo de desvio de um milissegundo. Ele usa sntp, que também é um pouco mais leve.
Como outros já disseram, os relógios de hardware não se movem, você não pode simplesmente configurá-los e ficar bem.