O Clonezilla copiou exatamente os dados do seu disco original para o disco de destino, incluindo sua tabela de partições. Agora você precisa redimensionar sua partição.
Você pode usar algo como gparted, ou você pode usar fdisk se tiver sorte de expandir a partição para ocupar todo o disco e depois redimensionar seu sistema de arquivos com resize2fs ou algo parecido.