O FileVault irá criptografar apenas seu diretório pessoal. Não há diferença perceptível para o desempenho.
Para ativá-lo, vá para: > Preferências do Sistema ... > Segurança > FileVault > Ligue o FileVault ...
Demorará um pouco para comprimir sua pasta pessoal, mas você está pronto.
Ele se comporta um pouco estranhamente com o Time Machine. Você não pode mais usar os recursos da GUI em, por exemplo, iPhoto / Finder para navegar pelos seus backups, mas agora precisa fazer isso manualmente. No entanto, as coisas ainda são armazenadas em backup, elas são armazenadas apenas criptografadas no disco do Time Machine e você pode visualizá-las manualmente ou restaurar seu diretório pessoal.