A partir de meados de 2015, provavelmente não - embora eu não tenha testado pessoalmente. Andreas Noever escreveu o suporte inicial ao kernel para o Thunderbolt e seus recursos da versão 3 estão listados aqui
Tenho 11,1 MacBook Pro com Iris Graphics rodando Ubuntu 15.04 que suporta monitores DVI através de um adaptador DisplayPort (DP) - mas esta configuração só usa a porta Thunderbolt como uma porta DP, ou seja, não há transmissão PCIe sendo multiplexada.