O que você tem em sua pergunta são, na verdade, três comandos separados: ele procura por qualquer coisa que tenha aa e passa esses resultados para o próximo egrep , que pesquisa qualquer coisa que tenha ii passa esses resultados para o último egrep que procura por uu . Então você acaba com apenas as linhas que contêm todas as três combinações aa , ii , e uu .
Você precisaria usar apenas o comando one egrep , usando uma expressão regular com alternância:
egrep 'aa|ii|uu'
Isso corresponderá a todas as linhas que contiverem aa , ii ou uu .