Aconselho-o a verificar a temperatura atual da sua GPU, quando isso acontecer. Você pode usar algo como Speedfan (ou outro recomendado em esta outra pergunta ).
Para mim, parece artefatos que ocorrem quando o cartão gráfico está aquecendo demais. Como o Aero está confiando em gráficos mais avançados do que em uma tela normal de desktop, isso poderia explicar por que isso acontece apenas com ele. Esse pensamento também é secundado pelo fato de você relatar tal problema acontecendo apenas de tempos em tempos.
Para informações, você pode encontrar exemplos de tais falhas gráficas acontecendo neste link (imagens muito grandes para copiar aqui).