Algumas coisas vêm à mente:
Existe alguma mensagem na sua pasta de spam / lixo eletrônico? Isso pode estar acionando a mensagem de entrada, mas quando eles são movidos imediatamente, você não os vê.
Você tem algum filtro (ou o que quer que seja chamado no e-mail da Apple) ativo que mova mensagens para outras pastas? Isso é menos provável, pois você afirma que verificou outras pastas. (Eu vi esse comportamento no Outlook por esse motivo.)