Existem excelentes pacotes antivírus que dependem muito de heurística, mas a matemática só pode ir tão longe ao combater malware.
Se o computador a proteger estiver em rede, sua melhor opção é usar algum tipo de pacote corporativo (McAfee, Nod32, Kaspersky, apenas para citar alguns) que permita usar um servidor local como um servidor de entrega de atualizações. Dessa forma, você poderia carregar as definições de vírus no servidor e permitir que o restante dos computadores atualize suas bases de vírus a partir dali.
Outra solução é atualizar as bases de vírus localmente usando uma unidade de CD ou USB em cada máquina, o que, dependendo do número de máquinas a serem protegidas, pode ser demorado.
Outra solução, se as duas anteriores não são viáveis, é desabilitar completamente USB e unidades de disco.