É certamente possível rodar mais de uma placa de som em um PC - eu já vi isso feito (mas eu não fiz isso sozinho) para conseguir o que você está procurando (múltiplos sinais de entrada distintos).
Você pode precisar de dois cartões, já que sua placa-mãe pode desabilitar sua placa on-board quando detecta uma dedicada. Além disso, alguns drivers de cartões podem não reconhecer mais do que um cartão de cada vez, então você pode precisar fazer uma pequena pesquisa para ter certeza de que o seu planejamento é suportado (isso pode ser um problema menor com dois cartões diferentes, mas tenha cuidado cartões têm o mesmo chipset que os torna efetivamente os mesmos cartões em algumas considerações).
O suporte a aplicativos e sistemas operacionais será importante - você precisa adicionar à sua pergunta qual sistema operacional está usando e quais aplicativos você pretende usar também, se conhecidos.
É provável que você também encontre cartões que suportem múltiplos sinais de entrada independentes em um único cartão, embora eles sejam direcionados a um público profissional de som / música, o que provavelmente custará um bom preço.