Pode ser várias coisas. Um problema em geral com a edição de vídeo acontece muito quando se lida com codecs de vídeo descompactados. Não tenho certeza se eu li lá em cima que o vídeo original está no codec yuv420p. Talvez seja enforcado ao tentar lidar com muita memória ou ao compactar diretamente as imagens para o mp4. Uma coisa que posso pensar é converter primeiro para avi, ou seja, produzir para um avi mas forçar um codec sem perdas como o camtasia / camstudio (eu acho que o ffmpeg suporta), então não é tão "pesado", e então fazer uma segunda operação para converter em mp4. Outro assunto é ... -r15? Você certamente sabe melhor qual fps está tendo o vídeo original, mas ele usa 24fps ou mais, não é?
Também ... Você pode forçar também o codec de saída, não apenas o formato. O MP4 funciona muito bem com o codec .h264, que dá muita qualidade e tamanho pequeno e incrível. Se bem me lembro bem ffmpeg também suporta isso. (você pode querer tentar isso antes de tudo ...)
Edit: Remember -codecs fornece a lista de codecs, na linha de comando. Você pode, claro, por exemplo, no console do Win, ffmpeg -codecs > codecs.txt para facilitar a leitura, pesquisa etc. Saudável para fazer também com formatos, etc.