Você não pode, a criptografia disco completo como o nome implica, criptografa o disco inteiro, não apenas uma partição. Pior ainda, para impedir que invasores avisem partes usadas de partes não utilizadas do disco, ele substituirá todo o disco por valores aleatórios, o que significa que você não pode usá-lo sem limpar todo o disco, incluindo as partições do Windows.
Desculpe, mas se você quiser dualboot, estará restrito à criptografia no nível da partição. Marque esta resposta para um passo a passo (observe também os comentários).