Normalmente, não haverá problemas para um download direto.
Mas se você estiver baixando um torrent, alguns clientes de torrent baixam para uma pasta temporária e copiam para o pasta de destino. Então tudo depende do seu programa de download.
Para um download direto de um endereço da Web, eu recomendaria usar um gerenciador de downloads que tem uma opção de currículo, então se o download parar por qualquer motivo você não tem que reiniciar do zero.