Depende de quanto esforço o invasor / criador de vírus está disposto a fazer.
O Windows não entende os sistemas de arquivos linux, portanto, a menos que um driver de terceiros seja instalado, o conteúdo dos sistemas de arquivos linux não será visível através das APIs do sistema de arquivos do Windows.
No entanto, se o software do invasor estiver executando com privilégios suficientemente altos, ele poderá acessar a partição subjacente diretamente. O malware pode incluir sua própria implementação de sistemas de arquivos Linux comuns e usá-lo para procurar arquivos valiosos em partições Linux.