Sim. A concatenação de um arquivo previamente dividido recria cada bit dele, independentemente do tipo de arquivo ou conteúdo. Você pode querer cuidar dos metadados (permissões, etc.). E cuide da ordem dos seus pedaços, claro.
A divisão não pode comprometer a segurança. Quero dizer: se pudesse, os invasores dividiriam o arquivo grande para facilitar a tarefa. Isso seria uma falha grave no algoritmo de criptografia.