Você não mencionou se o seu esquema de inicialização é BIOS legado ou UEFI; com a inicialização via UEFI, sempre deve haver uma partição dedicada para o (s) carregador (es) de inicialização, que é diferente da partição "Microsoft Reserved" que será gerada por padrão em novas instalações em ambos os esquemas de inicialização.
De acordo com este documento do MS TechNet , é possível não ter uma partição reservada do sistema em Windows 7.
Você pode tentar desconectar o HDD com falha e, em seguida, executar a função de reparo de inicialização a partir da mídia de instalação do Windows 7. Espero que ele possa detectar a instalação do Windows 7 no SSD e reconstruir o carregador de inicialização + BCD com as partições existentes.
Para o futuro: pode ser aconselhável ter apenas um disco (o disco de sistema pretendido) conectado ao sistema durante a instalação do Windows 7 ou superior. Ao desconectar os outros discos pelo tempo de instalação do sistema operacional, você evitaria o risco de o Windows se espalhar para vários discos. Quando o sistema operacional está confinado a um único disco, a configuração deve ser muito mais fácil de clonar ou migrar para um novo disco sempre que necessário. Se o Windows conseguir espalhar suas partições de componentes em vários discos, isso adicionará complicações desnecessárias às tarefas de manutenção.