Nesses casos, resolvo esse problema usando o terminal em vez de Gerenciador de atualização:
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Atualize os membros de origem. Primeiro, verifique se você usa sourcelists certos:
sudo apt-get update
OU
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Use o verificador de diagnóstico (Atualizar + Dependências quebradas de diagnóstico):
sudo apt-get check
ENTÃO
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Atualizar a distribuição (Isso é o equivalente a "Marcar todos os upgrades" no Synaptic):
sudo apt-get upgrade
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"Atualização inteligente". Ele diz à APT para usar o sistema de resolução de conflitos "inteligente", e tentará atualizar os pacotes mais importantes em detrimento dos menos importantes, se necessário. :
sudo apt-get dist-upgrade
Para outros casos, leia este artigo:
AptGet / Howto: Gerenciamento de pacotes com o APT