O editor usa o Scintilla e é configurado através do arquivo data / code_editor.xml como você imaginou.
Este arquivo é composto de idiomas e, para cada idioma, os estilos devem ser definidos.
Para alterar o fundo do texto, use o id 32 (STYLE_DEFAULT)
Exemplo:
<style id="32" back-color="#000000" /> <!-- STYLE_DEFAULT -->
O fundo dos números de linhas, à esquerda, pode ser personalizado através do ID 33 (STYLE_LINENUMBER)
Os outros id de estilos são para palavras-chave diferentes (descritas nos comentários do code_editor.xml). Por exemplo: Os comentários em segundo plano podem ser alterados adicionando back-color
às id 1 e 2 na linguagem SCLEX_MYSQL.
Isso precisa ser feito para todos os idiomas que você deseja personalizar.
Tanto quanto sei, não há como alterar o padrão globalmente.