De uma perspectiva de engenharia, todas as partições em um USB estão no mesmo chip físico. Caso o chip falhe, você perde os dois. No entanto, falando de setores defeituosos, então sim, caso os setores defeituosos afetem uma partição, o outro ainda pode ser acessado. Para isso, certifique-se de que as partições sejam todas primárias e não lógicas. As partições lógicas são partições de software e compartilham o mesmo espaço físico no disco. Partições primárias são divididas no hardware. Um número fixo de setores é dedicado a uma partição primária.
P.S. Os USBs são mais confiáveis que a mídia ótica, já que o último é vulnerável a arranhões e rupturas. Eu não conheci pessoalmente quem armazenaria esses dados importantes em um USB. A melhor confiabilidade é oferecida na nuvem.