Existem alguns aplicativos que não usam as configurações de proxy do sistema. A única coisa que você pode fazer é esperar que esse recurso seja adicionado nos programas que não funcionam.
Também é possível que sites como chat.facebook.com sejam bloqueados na rede de escolas, para que a empatia não possa se conectar a eles. Na minha escola, é assim e só posso usar o chat através dos sites com https.