Eu não sei porque você está tendo este problema, você apenas tentará reinstalar o notepad ++. Pode ser que ajude.
Parece que você ativou a opção para mostrar espaços em branco e caracteres de tabulação.
Clique no menu Visualizar e selecione "Mostrar símbolo" e desmarque "Mostrar espaço em branco e TAB".
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